Sejarah pendirian SMTQ Pangeran Diponegoro berawal dari dukungan masyarakat setempat terhadap KB – TK – SD Islam Pangeran Diponegoro semakin bertambah. Didasari dengan pendidikan yang berkualitas dengan berlandaskan nilai islam serta tetap dapat menjangkau masyarakat dari semua kalangan dengan biaya yang lebih ekonomis. Maka untuk keberlanjutan pendidikan merasa perlu mengakomodir permintaan walimurid untuk membangun lembaga pendidikan dengan jenjang selanjutnya yaitu SMPTQ Pangeran Diponegoro dengan sistem Tahfidz dan Bilingual.
Tepat pada tanggal 11 Desember 2019 Dewan Dakwah Islamiyah Indonesia merestui pendirian SMPTQ Pangeran Diponegoro. Dengan pendirian lembaga ini, semoga bisa memenuhi tuntutan masyarakat yang ingin mendapatkan pendidikan yang berkualitas dengan mengedepankan Al-Qur’an dan Sunnah sebagai pedoman hidup.